Esto convirtió a O’Higgins, en una de las principales canteras de fútbol en Chile, en esa década. El equipo de baloncesto del Bayern de Múnich es fundado por Franz Kronberger en 1946. Una década más tarde, el club ganó dos campeonatos alemanes consecutivos -1954 y 1955-. El club ganó su primera Copa de Alemania en 1968, pero en 1974 el equipo fue relegado a la segunda división. Las derrotas adicionales en la Copa de Alemania y en la Copa de la Liga dejaron al club sin trofeos. Como ganador de la liguilla pre-Libertadores entró a la Copa Libertadores 1987 donde superó su grupo de la primera fase, que incluía a Rosario Central, Deportivo Táchira y Estudiantes de Mérida. El récord de 7 títulos en la Copa Libertadores permanece aún hoy en manos del Rojo. Necesitaba vencer en el estadio José Amalfitani para empatar al equipo del Fortín en puntos y forzar un partido desempate, pero los equipos empataron sin goles y el Rojo salió segundo.
En la final jugó contra el Flamengo; ganó 2-0 en la ida, con goles de la Chancha Mazzoni y Cristian Domizi. En la final tuvo que medirse frente a Grêmio, el campeón defensor. Con un gol de Jorge Burruchaga resultó victorioso en Porto Alegre, y luego tras empatar en Avellaneda, gritó por séptima vez campeón de América. Los Rojos se coronaron campeones de Primera en 1989. Ese torneo contó por única vez con una regla muy particular en la que se jugaban un punto adicional los partidos que terminaban empatados, que se definían por penales. Esto influyó muy negativamente ya que el Rojo perdió casi todo su poder ofensivo y anotó sólo 14 goles en los 19 partidos del Torneo Clausura 2002, por lo cual Independiente por primera vez terminó en el último lugar (20º) y, también por primera vez, sufrió el riesgo del descenso; terminó a sólo 2 puntos de la zona de promoción (repechaje).
El difícil River Plate de Enzo Francescoli comenzó triunfando 0-2 en Avellaneda pero el Rojo alcanzó el empate con goles de Javier Mazzoni, y luego se dio el lujo de eliminar a River en el Estadio Monumental en la definición por penales, donde relució el arquero Faryd Mondragón, que ya había tapado un penal en octavos contra Santos. En instancias iniciales de la Supercopa empató con el Santos tanto en Argentina como en Brasil, triunfando en los penales como visitante. Incluso, los aficionados que estuvieron en Brasil 2014 eligieron a Colombia como la selección que mejores celebraciones realizó tras sus goles.
La figura de Independiente fue Jorge Burruchaga anotando 15 goles a lo largo del torneo. En los duelos de cuartos empató con Grêmio en Porto Alegre y venció por 2-0 en Avellaneda, para luego eliminar en semifinales por tercera vez consecutiva a otro grande del fútbol brasileño, el Cruzeiro, cayendo primero en Belo Horizonte y goleando por 4-0 en la vuelta con el «Palomo» Albeiro Usuriaga como figura. Superó la fase de grupos posicionándose primero luego de vencer en la anteúltima fecha al Club Olimpia de Paraguay, en un grupo también conformado por Estudiantes y Sportivo Luqueño.
El buen nivel demostrado continuó en la fase semifinal de grupos, donde compartió grupo con Nacional de Montevideo y la Universidad Católica de Chile, alcanzó nuevamente la final de la Copa Libertadores ganándole a Nacional en su última fecha. Al final el estadio tenía capacidad para 60 000 espectadores tratándose de partidos nacionales y 59 000 asistentes en caso de encuentros internacionales -como partidos de la Copa de Europa-. Independiente siempre se mantuvo firme en la última línea compuesta por Néstor Clausen, Hugo Villaverde, Enzo Trossero y Carlos Enrique, y el partido finalizó con triunfo 1-0 para Independiente, en el Estadio Olímpico de Tokio en Japón. La última fecha del campeonato visita a Rangers de Talca, donde el equipo comienza perdiendo con gol de Mauricio Gómez, pero el equipo no se rindió y como en todo el campeonato, salió a dar vuelta el partido y lo consigue con goles de Pablo Calandria y «el patrón celeste» Julio Alberto Barroso.
El 27 de junio fue eliminado por la Selección Argentina por segunda ocasión consecutiva, tras 2 goles polémicos, el primero por un error del árbitro al no marcar un fuera de lugar. Fue también el primer estadio español que se adaptó a la normativa FIFA sobre estadios y el primero en incorporar sistemas de calefacción en las gradas. Dicho partido lo ganó 2-0, y de esta manera se consagró campeón dándose el gusto de dar la vuelta olímpica en el estadio de su eterno rival, ante solo 15.000 hinchas locales (algo muy inusual en un clásico de Avellaneda), que descendía a la «B» por primera vez. El título de campeón de Primera le dio la clasificación a la Libertadores. En la segunda edición del certamen que reunía a todos los campeones de la Copa Libertadores, Independiente eliminó consecutivamente al Santos de Brasil, a un Atlético Nacional que venía de ganar la Libertadores y en semifinales a Argentinos Juniors.
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