Al final del Torneo Clausura 2000, el Sabalero se ubicó en la segunda posición del torneo de Primera División, junto con Independiente (36 puntos). El sábado 29 de julio de 1995, justo cinco días antes de cumplir los 14 años desde su despedida del fútbol grande de los domingos y pagando las deudas del pasado, Colón asciende a la Primera División, derrotando a San Martín de Tucumán 3 a 1 de local (y habiendo ganado 1 a 0 de visitante). Colón logró mantenerse 16 años consecutivos en Primera División, hasta que en el año 1981 desciende. Según normativa UEFA, cada club solo puede tener en plantilla un máximo de tres jugadores extracomunitarios, que ocupen plaza de extranjero, mientras que un canterano debe permanecer al menos tres años en edad formativa en el club (15-21 años) para ser considerado como tal.

El Liverpool Football Club (pronunciación en inglés: /ˈlɪvərpul ˈfʊtbɔl klʌb/) es un club de fútbol profesional inglés con sede en Liverpool, Inglaterra, que disputa la Premier League, máxima competición futbolística en dicho país. Para los Sabaleros, esta fue la quinta disputa de una copa internacional en su historia. A esto se le sumó una situación inédita: el partido entre Colón y Atlético de Rafaela de la fecha 16 del Torneo Inicial 2013 se suspendió porque los jugadores sabaleros no se presentaron a jugar, por un conflicto salarial con la entidad. Colón tuvo un par de tropezones durante el torneo, como la derrota frente a Estudiantes de La Plata por 1 a 0 y por 5 a 1 en La Plata, pero estos no opacaron el sueño de miles de hinchas por lograr la tan ansiada vuelta a la Primera categoría del Fútbol Argentino.

Este equipo, dirigido por Osvaldo Piazza, dio cátedra de fútbol en muchos partidos, con jugadores de categoría como Esteban Fuertes, Claudio Enría, «la cabra» Delgado, entre otros. Sobre el final del partido hubo 4 expulsados: Fuertes, Saralegui, ropa de futbol barata Garnero y Guerrero. Colón liquidó el pleito en el primer cuarto, con un fútbol de alto vuelo, con la manija del internacional Chileno, el «Huevito» Valencia (venía de ser campeón con la «U»), un armador de lujo; la jerarquía y potencia del Uruguayo Delgado; la rapidez e inteligencia del experimentado Enría y la potencia goleadora del siempre vigente «Bichi» Fuertes, goleador absoluto de dicho certamen. La escapada del «Bichi» Fuertes por derecha, en jugada de contragolpe, el posterior centro y el gol del uruguayo Marcelo Saralegui, volvieron a inscribir una fecha clave en la historia de Colón: el 4 de diciembre de 1997, Colón le ganó a Independiente 1 a 0 y logró el pasaporte a jugar por primera vez la Copa Libertadores de América.

En la Copa Libertadores del mismo hace grupo con Universidad Católica y los bolivianos Bolívar y Blooming. El proyecto de remodelación y ampliación del estadio comenzó a principios de la década de 1990, de mano del entonces presidente del club José Néstor Vignatti, dicho proyecto consistía en cambiar los tablones por gradas de cemento y además colocar 3 bandejas (platea norte, platea este y platea sur), el proyecto era muy parecido al del Gigante de Arroyito. Bayern terminó cuarto en la temporada de 2006-07, así que no pudo clasificarse para la Liga de Campeones por primera vez en más de una década. El Getafe CF y la UD Almería lograron igualmente la permanencia y el C.A. Osasuna y el Real Valladolid consumaron su descenso a la Liga Adelante. En 1946, al reanudarse la liga, logran un decimotercer puesto y un año después logran el título de liga ante la sorpresa general.

En 1993 se perdió nuevamente una final por el ascenso, ante Banfield, se recuerda mucho este partido ya que Colón podría haber logrado el ascenso sin necesidad de jugar dicha final, lo único que necesitaba era ganarle a Chaco For Ever en la última fecha del torneo, y esperar que Unión al menos logre un empate con Banfield en la misma fecha. El Torneo Clausura 1997 fue uno de los más parejos que tuvo el fútbol argentino, porque el mismo lo disputaron mano a mano River Plate y Colón de Santa Fe, comprar camisetas futbol baratas quienes se enfrentaron un 11 de mayo de ese año por la fecha 11.° del campeonato que finalmente se quedarían los de Núñez y que tendría como escoltas a los de Santa Fe con 35 puntos. Ese día Boca ganó 2 a 0 con goles de Escudero y Perotti.

Si bien con estas unificaciones del fútbol se lograron varios avances para la creación del fútbol moderno, se considera que el día de su nacimiento es el 26 de octubre de 1863, cuando The Football Association se reunió por primera vez. Eran las primeras horas del primer día de febrero cuando en distintos puntos de la ciudad comenzaron a escucharse bombas de estruendo. El martes 14 de diciembre de 1965 derrota a Deportivo Español, en cancha de Atlanta por 1 a 0, con gol de Oberti a los 38 minutos del 2.° tiempo. El debut se produciría en la edición de Ecuador 1993. Su primer juego fue el 16 de junio de 1993 enfrentando al representativo de Colombia, partido que perdió luego de un polémico gol con marcador 2-1. El siguiente juego concluyó con empate (1-1) ante uno de los favoritos Argentina y cerraría la primera fase empatando a cero con Bolivia, paso a cuartos de final como uno de los mejores terceros lugares.

Ante el fracaso en la Copa Oro, la Federación dio un vuelco a la tradicional elección de entrenadores forjados en el medio nacional y contrató al técnico argentino César Luis Menotti, campeón mundial en Argentina 1978. Quien más allá de un estilo futbolístico innovador para el cuadro mexicano, impuso una nueva mentalidad positiva y ganadora en el jugador mexicano, esto a través de las giras realizadas a Europa durante 1992. El proyecto de Menotti se cortó de tajo tras su renuncia en noviembre de dicho año, luego de que una serie de conflictos administrativos le costaran el puesto a los dirigentes que lo habían contratado, y por lealtad decidió apartarse de su cargo. Los festejos por el ascenso se extendieron en todo Santa Fe durante un largo tiempo, la ciudad se vistió nuevamente de rojo y negro. Durante un partido contra River en el año 2003, empiezan a producirse disturbios y se rompe el alambrado de la popular norte (local).