Con el paso de los años, la masa social de abonados y aficionados del club creció, con lo que las instalaciones disponibles resultaban cada vez más insuficientes, pese a que el aforo inicial se había duplicado y llegó a alcanzar la cifra de 22 000 personas. También se dio la polémica en cuanto al descenso, pues Universitario de Deportes o Sporting Tabaco estaban a un paso de ir a segunda división, y tenían que jugar un último partido, pero en la Asociación no Amateur (ANA, antecesora de la ADFP), propuso un proyecto que contemplaba el no descenso en aquella temporada, elevó el proyecto a la Federación Peruana de Fútbol, que lo aprobó en dos votaciones, este proyecto, a su vez, tenía que elevarse al Comité Nacional de Deportes (equivalente al actual Instituto Peruano del Deporte), camisetas de futbol com el cual recién a fines de ese año lo ratifico.
Después del retorno de la selección de las olimpiadas, ese año se llevó a cabo un par de partidos para seleccionar a los jugadores que formarian la selección nacional que participaria en el Campeonato Sudamericano 1937, es así que el 8 de noviembre mientras se jugaba un partido entre el Club Alianza Lima y un combinado de varios jugadores de la división de honor, que el defensa aliansista Víctor Lavalle lesiona gravemente al jugador Jorge Chávez Boza perteneciente a las filas del Club Atlético Chalaco, dejándolo mal herido, pues luego del accidente los doctores le tuvieron que amputar la pierna debido a la gravedad de la lesión, pero a pesar de esto falleció a los pocos días debido a la gangrena.
En el campeonato de 1938 participan nueve clubes y campeona el Deportivo Municipal y el Atlético Chalaco ocupa el quinto puesto. El Atlético Chalaco retomó su participación en la máxima categoría en el campeonato de 1937 donde participaron diez clubes y sale campeón el Sport Boys, y el Atlético Chalaco ocupó el cuarto puesto. Luego de esto los clubes decidieron no realizar el torneo de la división de honor, pero al final se realizó un torneo extraordinario (relámpago) llamado Torneo Peruano Extraoficial de ocho clubes, donde el Atlético Chalaco fue eliminado en semifinales por Universitario de Deportes que a la postre resultó campeón al derrotar en la final al Club Alianza Lima.
En el campeonato de 1940, de ocho clubes en la liga nacional vuelve a campeonar el Deportivo Municipal y de nuevo el Atlético Chalaco obtiene el sexto lugar, con jugadores como el arquero Víctor Marchena, el defensa Rafael León, Lorenzo López, etc. Para el campeonato de 1949, se ubicó en el séptimo lugar de ocho equipos, pero no hubo descenso ese año.
Ese mismo año de 1947 se realizó el campeonato relámpago nacional, donde el Atlético Chalaco salió campeón, es así que un mismo año ‘la furia chalaca’ ganó dos campeonatos. Para el campeonato de 1946 el Atlético Chalaco ocupó el sexto puesto, con el arquero Bacigalupo, Juan Castillo Grandjean, Domingo Raffo, Carlos Meza, Adolfo Zevallos, Santiago Hart, Guillermo Aguilar, Carlos Torres, Miguel Badell, Víctor Fernandez D., José Ferretti, Enrique Jordán, Geronimo Lurita, Juan Alcázar, Reynaldo Luna, Davalos, Moyano y Cueto. El equipo contaba con Luis Bustamante, Eliseo Morales, Guillermo Aguilar, Domingo Raffo, René Rosasco, Segundo Castillo, Pedro Valdivia, Juan Alcázar, Ernesto Morales, Marcial Hurtado y Reynaldo Luna entre otros.
Reynaldo «perejil» Luna, Félix Mina, Eliseo «chaveta» Morales, Ernesto Morales, Julio Navarrete, Miguel «cañón» Paredes, Domingo Raffo, Luis «pata de mula» Rodríguez, René Rosasco y Carlos Torres Morales. El equipo regular fue con Santiago Hart, Guillermo Aguilar, Rafael Crovetto, Carlos Torres Morales, Domingo Raffo, Miguel Ampuero, Jordán, Chumpitazi, José Ferretti, Ernesto Morales, y Vigil. Los jugadores fueron los arqueros Rafael León y Marcos Huby, Humberto Crescimbeni, Juan Rivero Villar, Guillermo Aróstegui entre otros. Rafael León, Pedro Paulet, Víctor Marchena, Jorge Garcés, Humberto Crescimbeni, Juan Rivero Villar, Guillermo Aróstegui, Julio Rebaza, Felipe Bailey y Alejandro Quiroz Noli.
Los jugadores fueron Juan Castillo Grandjean, Arturo Paredes y otros. Adolfo Zevallos, José Ferreti, Gerónimo Lurita, Juan Castillo Grandjean, Luis Portanova, Juan Lecca, Reynaldo Luna, Félix Mina, Ernesto «chicha» Morales entre otros. En el campeonato de 1947, bajo la presidencia de Mario Chiabra y dirigido por José «patuto» Arana, el Atlético Chalaco vuelve a consagrarse campeón nacional, luego de la derrota que sufrió el Deportivo Municipal, que venía en segundo lugar, equipaje de futbol ante el Sporting Tabaco por 4-1 el día 25 de octubre por la última fecha del torneo. En 1935, participan seis clubes y Atlético Chalaco de nuevo obtiene el título, coronandose bicampeón, e imponiéndose como el mejor equipo Chalaco de la época.