Luego, en la segunda ronda, Colón debió cruzarse con uno de los grandes: Boca Juniors. Además, por falta de dinero, el club tuvo que desprenderse de dos jugadores juveniles de 15 años, vendiéndolos al club Boca Juniors por tan solo 2 millones de pesos (Julián Chicco y Matías Roskopf). En el año 2001, Colón terminó en el cuarto puesto con 32 puntos, detrás de Racing Club (42 puntos), River Plate (41 puntos) y Boca Juniors (33 puntos). La FIFA oficializa el descuento de 6 puntos a Colón, debido a una deuda de 600 mil dólares que mantenía la institución con el Atlante de México por el pase de Juan Carlos Falcón en la temporada 2007/2008; esta medida, para finales del año 2013, dejó a Colón en la zona de descenso.

Se juega a partido único entre el primer equipo del CE Europa y un equipo invitado. El desenlace fue que el partido no se jugó y se lo dio por ganado a Atlético de Rafaela, y horas después, el presidente de los rojinegros, Germán Lerche, que estaba de licencia, presentó su renuncia. Ese mismo día se eligió una directiva provisional que fue presidida por Roberto W. Suárez y se designó como Presidente Honorario a Augusto Cazorla, subdirector del Instituto. La tarde del domingo 12 de marzo de 2000 será imborrable para los hinchas Sabaleros, quienes disfrutaron de un categórico triunfo sobre su clásico rival de todos los tiempos por 4 goles contra 0, en un juego soñado, histórico e inolvidable, que pudo haberse definido por cifras más abultadas si se lo hubiese propuesto el dueño de ese juego.

Las figuras de este equipo fueron el colombiano Giovanni Hernández, Martín Romagnoli, César Carignano y la vuelta del «Bichi» Fuertes. Este estadio se encuentra ubicado entre las calles Rodríguez Peña (detrás de la tribuna local), Libertad (detrás de la tribuna visitante), Int. Colón formó con: Leonardo Díaz, Hugo Ibarra, Luis Medero, Rodríguez Peña y Dante Unali, Adrián Marini, Castagno Suárez, Gordillo y Marcelo Saralegui, y adelante con Esteban Fuertes y Cristian Castillo. En fotografía apaisada donde los futbolistas locales celebraban la tercera conquista, el epígrafe precisaba que «lo parejo se hizo desparejo: al clásico llegaron con marcado equilibrio, pero la realidad mostró todo lo contrario», sosteniendo que «la diferencia habría sido mayor, si Colón se lo hubiera propuesto».

Para los desprevenidos que no entendían el motivo, eran los hinchas de Colón que festejaban el empate de Arsenal de Sarandí en Perú. Colón liquidó el pleito en el primer cuarto, con un fútbol de alto vuelo, con la manija del internacional Chileno, el «Huevito» Valencia (venía de ser campeón con la «U»), un armador de lujo; la jerarquía y potencia del Uruguayo Delgado; la rapidez e inteligencia del experimentado Enría y la potencia goleadora del siempre vigente «Bichi» Fuertes, goleador absoluto de dicho certamen. Es una institución totalmente diferente al equipo histórico del Callao. Todo aficionado al fútbol conoce la regla básica que dice que el club de sus amores debe lucir siempre su primera vestimenta, excepto cuando los colores coincidan con los de otro equipo en un enfrentamiento.

Al final del Torneo Clausura 2000, el Sabalero se ubicó en la segunda posición del torneo de Primera División, junto con Independiente (36 puntos). Luego de una mala campaña con Rubén Forestello como técnico, quién deja su cargo tras 5 derrotas consecutivas, Mario Sciacqua se hace cargo del equipo pero no logra levantar a Colón en el campeonato y se aleja del Club luego de la derrota ante Olimpo por 1 a 0 en la última fecha. Pero en la vuelta, que se jugó en Salta, se terminaría el camino Sabalero luego de perder el partido por 2 a 1, así Colón debió despedirse su tercer participación internacional.

La moda de las camisetas personalizadas para clubes de fútbol sigue pegando fuerte y este verano llama la atención la cantidad de equipos de la provincia de Huelva, especialmente de las categorías más modestas, que se han sumado a esta iniciativa. Esta última participación, dejó 13.° al sabalero, en la clasificación de clubes argentinos de la Conmebol. Los ganadores del Apertura 1996 y Clausura 1997 fueron los representantes argentinos en la Copa Libertadores de América 1998. Debido a que River Plate ganó los dos torneos de la temporada, los equipos que finalizaron en la segunda colocación de cada uno de ellos (Independiente y Colón), jugaron un partido para determinar el segundo equipo argentino que debía participar en la Copa Libertadores de América.

A esto se le sumó una situación inédita: el partido entre Colón y Atlético de Rafaela de la fecha 16 del Torneo Inicial 2013 se suspendió porque los jugadores sabaleros no se presentaron a jugar, por un conflicto salarial con la entidad. Dirigido por el «Patón» Bauza, a Colón le tocó enfrentarse en la primera rueda contra Vélez Sarsfield. El Sabalero termina segundo en el Apertura 2011, ya que Racing Club debía ganar o empatar con Vélez para consagrarse como el único subcampeón, pero perdió y no sumo ningún punto, terminando con 31. De esta manera, Racing Club, Vélez, Belgrano y Colón fueron los subcampeones.